Natürlicher Hochwasserschutz durch Wasserrückhalt wird durch Entsiegelung, Versickerung und standortgerechte Land- und Forstbewirtschaftung in der Fläche unterstützt sowie durch Wasserrückhalt im und am Gewässer infolge Deichrückverlegung, Anpflanzung bachbegleitender Gehölze und Laufverlängerung. Solche Maßnahmen können sowohl eine Abminderung als auch eine Verzögerung von Hochwasserwellen bewirken. Nicht ausgebaute oder renaturierte Gewässer verfügen mit sogenannten Flussauen über ein natürliches Überschwemmungsgebiet, welches die oben angesprochene positive Auswirkung auf den Hochwasserverlauf hat. Zudem werden amtlich Überschwemmungsgebiete festgesetzt, die im Falle eines statistisch alle 100 Jahre auftretenden Hochwassers überflutet werden und den Hochwasserabfluss so bremsen und reduzieren.

Die Verbesserung des natürlichen Wasserrückhalts ist ein wesentliches Ziel, das im Rahmen von Gewässerauenprogrammen und bei der Umsetzung von Gewässerentwicklungskonzepten verfolgt wird. Aus diesen Planungen resultieren konkrete Maßnahmen, die der Erftverband alleine oder in Zusammenarbeit mit anderen Trägern umsetzt, z. B. mit Renaturierungen am Gillbach bei Rommerskirchen oder der Erft bei Weilerswist.